次世代シーケンサーを用いた遺伝子発現解析業務（単価契約）

次世代シーケンサーを用いた遺伝子発現解析業務（単価契約） 入 札 公 告次のとおり一般競争入札することを公告する。令和７年６月１６日国立研究開発法人森林研究・整備機構森林総合研究所林木育種センター所長 嶋田理１ 調達内容(1) 件 名 次世代シーケンサーを用いた遺伝子発現解析業務(単価契約)(2) 契約案件の特質 入札説明書及び仕様書による。(3) 履 行 期 限 令和８年３月３１日(4) 納 入 場 所 茨城県日立市十王町伊師３８０９－１国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所林木育種センター(5) 入札方法落札決定に当たっては、入札書に記載された金額に当該金額の10パーセントに相当する額を加算した金額(当該金額に１円未満の端数があるときは、その端数金額を切り捨てるものとする。)をもって落札価格とするので、入札者は、消費税及び地方消費税に係る課税事業者であるか免税事業者であるかを問わず、見積もった契約金額の110分の100に相当する金額を入札書に記載すること。２ 競争参加資格(1) 国立研究開発法人森林研究・整備機構契約事務取扱規程第７条及び第８条の規定に該当しない者であること。(2) 農林水産省及び国立研究開発法人森林研究・整備機構の指名停止措置を受けている期間中でないこと。(3) 会社更生法(平成１４年法律第１５４号)に基づき更生手続き開始の申立てがなされている者又は民事再生法(平成１１年法律第２２５号)に基づき再生手続き開始の申立てがなされている者については、手続き開始の決定後、農林水産省大臣官房参事官(経理)が別に定める手続きに基づく一般競争参加資格の再認定を受けていること。(4) 会社更生法に基づき、更生手続き開始の申立てがなされている者又は民事再生法に基づき再生手続き開始の申立てがなされている者(上記(3)の再認定を受けた者を除く。)でないこと。(5) 令和7･8･9年度国立研究開発法人森林研究・整備機構競争参加資格又は全省庁統一資格において「役務の提供等」の業種区分において、A、B、C又はDのいずれかの等級に格付けされている者であること。３ 入札書の提出場所等(1) 入札書の提出場所、契約条項を示す場所、入札説明書交付場所及び問合せ先〒319-1301 茨城県日立市十王町伊師３８０９－１国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所 林木育種センター総務部管理課 会計第二係 TEL：0294-33-7182 Eメール：R-kaikei@ml.affrc.go.jp(2) 入札説明書の交付方法本公告の日から上記３(1)の交付場所にて、令和７年７月７日までの土曜日、日曜日及び休日を除く9時から１６時まで交付する。Eメールでの配布を希望する場合は上記３(1)に記載のEメールアドレスに交付希望の連絡をすること。(3) 入札説明会の日時及び場所 入札説明書の交付をもって説明会に代える。(4) 提出書類(証明書類)の受領期限 令和７年７月７日(月)１６時(5) 郵便等による場合の入札書の提出期限 令和７年７月８日(火)１６時(6) 入札、開札の日時及び場所 令和７年７月９日(水)１１時００分 当センター小会議室４ その他(1) 入札書及び契約手続に用いる言語及び通貨 日本語及び日本国通貨(2) 入札保証金及び契約保証金 免除(3) 入札者に要求される事項 この一般競争に参加を希望する者は、入札説明書に示した内容を完全に履行できることを証明する書類を作成し、受領期限までに提出しなければならない。なお、入札者は開札日の前日までの間において、所長から当該書類に関し説明を求められた場合はそれに応じなければならない。(4) 入札の無効本公告に示した競争参加資格のない者の提出した入札書、入札に関する条件に違反した者の提出した入札書は無効とする。(5) 契約書作成の要否 要(6) 落札者の決定方法 本公告に示した業務を履行できると所長が判断した資料及び入札書を提出した入札者であって、国立研究開発法人森林研究・整備機構契約事務取扱規程第２８条の規定に基づいて作成された予定価格の制限の範囲内で最低価格をもって有効な入札を行った者を落札者とする。(7) 契約情報の公表 「独立行政法人の事務・事業の見直しの基本方針(平成２２年１２月７日閣議決定)」に基づき、当研究所との関係に係る情報を当研究所のホームページで公表する。なお、本件への応札若しくは応募又は契約の締結をもって、所要の情報の当方への提供及び情報の公表に同意されたものとみなすこととする。(8) 手続きにおける交渉の有無 無し(9) その他 詳細は入札説明書による。 仕 様 書１．件 名 次世代シーケンサーを用いた遺伝子発現解析業務(単価契約)２．品目・規格及び予定数量 別紙単価契約品目内訳書のとおり※予定数量は過去の注文実績等を参考に算出しているため、契約時において発注数量を保証するものではない。 ３．納品場所 茨城県日立市十王町伊師３８０９－１国立研究開発法人 森林研究・整備機構 森林総合研究所林木育種センター４．契約期間 契約締結日から令和８年３月３１日まで５．仕 様１)発 注 発注者(森林総合研究所林木育種センター担当職員)が、受注者へ品名・規格・数量を書面(FAX等)にて指示する。なお、１検体から発注可能とし、契約期間中の発注数量が別紙記載の予定数量に満たない場合にも追徴金等は発生しないものとする。２)検体回収 受注者は、役務対象の検体について受注から1週間以内に引き取りを行うこと。３)品質確認 受注者は、役務対象の検体について別紙記載の品質確認を行い、発注者に報告すること。４)解 析 等 受注者は、品質確認に合格した検体について、ライブラリーの作製、シーケンス解析及びデータ変換等を行う。５)納 品 受注者は、品質確認後８週間以内にシーケンス解析結果を上記３の納品場所へ納品すること。ただし納品期限については、発注の際発注者の承諾を得た役務についてはこの限りではない。納品方法は別紙記載のハードディスク納品、もしくはダウンロード納品を発注者が選択可能とすること。また、サンプル返却の有無を発注者が選択可能とすること。なお、不測の事態により納期内の納品が不可能となった場合は、発注者へ連絡すること。 ６)検 査 受注者は、物品の引渡しの際、発注者に納品書を提出し、検査職員の検査を受けること。 ７)請求方法 検査職員の検査に合格した物品について、受注者は１箇月分を取りまとめ､納品月の翌月速やかに請求書を提出すること。 ８)支払方法 発注者は、受注者が発行した適法な請求書の受理後４０日以内に、受注者の指定する銀行口座等へ代金を振り込むこととする。 ６．そ の 他・検体は受注者又は代理人が直接引き取り預かること。 ・提供した検体の品質確認を行った結果、品質に問題があり別検体で再度品質確認を行う必要がある場合、１検体あたり１回目の再確認までは無料とする。２回目以降の再確認については、発注者が必要であると判断した場合に限り、別検体品質再確認の業務を発注する。・検体の品質に問題があった状態で発注者の指示に基づき作成したライブラリーの品質が受注者の基準に満たない場合、２回目以降のライブラリー作成には別途契約を行う。 ・検体の品質に問題があり作成したライブラリーの品質が受注者の基準に適合していない状態で、発注者の指示に基づきシーケンス解析を行った場合、その検体に関するシーケンス解析結果について受注者は責任を負わないこととする。 ・シーケンス解析データについては、納品後３ヶ月間は受注者又は代理人も複製を保管し、必要に応じて発注者に提供可能であること。また、保管期間経過後は適切に消去すること。 ・受注者又は代理人は日本国内に別紙記載の品質確認及びシーケンス解析等を一貫して行うことが可能な設備を持ち、次の認証を取得していること；品質マネジメントシステム国際規格ISO9001、情報セキュリティマネジメントシステム(ISMS)国際認証規格「ISO/IEC 27001:2013 /JIS Q 27001:2014」、衛生検査所登録、米国病理医協会(CAP : College of American Pathologists)臨床検査室プログラム認定(LAP : Laboratory Accreditation Program)。・業務実施に際して協議が必要になった場合は、発注者に速やかに連絡し、その指示に従うこと。以上別紙単価契約品目内訳書内訳及び予定数量・遺伝子発現解析 350検体・別検体品質再確認 2回・ハードディスク納品 1回・ダウンロード納品 2回・サンプル返却 1回なお、別検体品質再確認、納品方法、サンプル返却の有無は、発注者が品質確認結果、データ量やサンプル返却の必要に応じて注文書を通じて受注者に依頼することとする。各内訳に関する仕様【遺伝子発現解析】Ⅰ．提供検体針葉樹等の林木の組織から抽出したtotalRNAを提供する。Ⅱ．品質確認下記項目について、発注者から提供するRNAの品質確認を行うこと。(１)Nanodrop(分光光度計)もしくは蛍光法を用いた濃度測定(２)Agilent Bioanalyzer 2100又はTapeStation 4200を用いた品質確認Ⅲ．シーケンスライブラリーの作成RNA の品質確認に合格した検体については、以下の項目について次世代シーケンサーによるシーケンス解析のためのライブラリーの作成と調整を行うこと。(１)イルミナ社TruSeq Stranded mRNA Library Prep. Kitを用いたライブラリー作成及び調整(２)Agilent Bioanalyzer 2100又はTapeStation 4200によるライブラリーのサイズ確認(３)定量的PCRによるライブラリーの定量Ⅳ．シーケンス解析イルミナ社 NovaSeq X Plusを使用し、下記の条件でシーケンス解析を行うこと。(１)シーケンス方法 ：ペアエンド(PE)シーケンス(２)読み取り塩基長 ：150塩基(両鎖解析)/１リード(３)取得データ量 ：40Mリード以上 / 1検体Ⅴ．データ変換及び概要の作成上記Ⅳ．で得られたデータについては、下記に挙げる処理を実施すること。(１)bclファイルをbcl2fastqでfastqファイル(生データ)に変換する。(２)生データの概要(総塩基数、リード数、GC(%)、Q20(%), Q30(%)等)を作成する。【別検体品質再確認】【遺伝子発現解析】のⅡ．品質確認において、RNAの品質に問題があり別検体で再度品質確認を行う必要がある場合、１検体あたり１回目の再確認までは追加の費用請求を行わないこと。また、２回目以降の再確認を行う場合には別途発注者からの注文によりサンプルの回収と品質確認を行うこと。【納品方法】【ハードディスク納品】成果物として【遺伝子発現解析】により得たデータをハードディスクに入れて納品すること。ハードディスクにはパスワードでロックを掛け、発注者にパスワードを連絡すること。納品にあたっては、書面によりその旨を報告すること。【ダウンロード納品】成果物として【遺伝子発現解析】により得たデータを受注者もしくは代理人の所有するサーバに格納し、発注者にサーバ中の格納先アドレスとパスワードを連絡し、発注者のダウンロード完了をもって納品完了とすること。納品にあたっては、書面によりその旨を報告すること。ダウンロードにかかる通信費など追加費用は請求しないこと。【サンプル返却】シーケンスライブラリー作成後の残りのtotalRNA溶液を依頼者に返却すること。受注者はtotalRNA溶液を発注者からtotalRNAを提供した際に使用したサンプル箱に収め、返却のための発送が完了するまで品質が保たれるように-80℃の冷凍庫で適切に保管すること。また、発泡スチロール製の輸送容器にドライアイス等の寒剤を同封したうえでサンプル箱を入れ、発注者に配達されるまでtotalRNAの分解を抑えられる条件を維持するように配慮すること。ただし、返却の際の輸送中に何らかの偶発的な事案によりチューブの破損、RNAの分解などが発生しても、受注者の責任は問わないこととする。