【電子入札】【電子契約】環境試料の微生物遺伝子分析業務

【電子入札】【電子契約】環境試料の微生物遺伝子分析業務 次のとおり一般競争入札に付します。 1 競争参加者資格 (1) 予算決算及び会計令第70条及び第71条の規定に該当しない者であること。 (3) 上記以外の競争参加者資格等 (別紙のとおり) 2 入札書の提出期限3 入札書の郵送 4 その他 詳細は「入札説明書」による。 契 約 管 理 番 号 0710C00070一 般 競 争 入 札 公 告令和7年5月9日 財務契約部長 松本 尚也 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構件 名 環境試料の微生物遺伝子分析業務数 量 1式入 札 方 法(1)総価で行う。 (2)本件は、提出書類、入札を電子入札システムで行う。 入札説明書の交付方法 機構ホームページ(入札情報等)又は契約担当に同じ交 付 期 限 令和7年6月11日まで入 札 説 明 会日 時 及 び 場 所無 入札期限及び場所令和7年7月4日 11時00分 電子入札システムを通じて行う。 開札日時及び場所令和7年7月4日 11時00分 電子入札システムを通じて行う。 契 約 期 間( 納 期 )令和8年1月16日納 入(実 施)場 所 開発試験棟契 約 条 項 役務契約条項契 約 担 当財務契約部事業契約第３課加藤 直美(外線：070-1274-8139 内線：803-40903 Ｅメール：kato.naomi@jaea.go.jp) (2) 国の競争参加者資格(全省庁統一資格)又は国立研究開発法人日本原子力研究開発機構競争参加者資格のいずれかにおいて、当該年度における「役務の提供等」のA、B、C又はD等級に格付けされている者であること。 競争参加者資格審査を受けていない者は、開札の前までにその審査を受け、資格を有することが認められていること。 特 約 条 項 無上記条項を示す場所 機構ホームページ(調達契約に関する基本的事項)又は契約担当に同じ入 札 保 証 金 免除令和7年7月4日 11時00分不可 ※電子入札ポータルサイトhttp://www.jaea.go.jp/02/e-compe/index.html本入札の参加資格及び必要とする要件は、次のとおりである。 ※競争入札に参加する前までに「委任状・使用印鑑届」及び「口座振込依頼書」等を提出していただく 必要がありますので、下記により提出をお願いします。 https://www.jaea.go.jp/for_company/supply/format/a02.html必要な資格求める技術要件 (1)予算決算及び会計令第70条及び第71条の規定に該当しない者であること。 (2)国の競争参加者資格(全省庁統一資格※)又は国立研究開発法人日本原子力研究開発機構競争参加者資格のいずれかにおいて、当該年度における「役務の提供等」のA、B、C又はD等級に格付けされている者であること。 競争参加者資格審査を受けていない者は、開札の前までにその審査を受け、資格を有することが認められていること。 (3) 当機構から取引停止の措置を受けている期間中の者でないこと。 (4)警察当局から、国立研究開発法人日本原子力研究開発機構に対し、暴力団員が実質的に経営を支配している業者又はこれに準ずるものとして、建設工事及び測量等、物品の製造及び役務の提供等の調達契約からの排除要請があり、当該状況が継続している者でないこと。 入札参加資格要件等 環境試料の微生物遺伝子分析業務仕様書1. 件名環境試料の微生物遺伝子分析業務2. 目的及び概要本件は、「廃炉・汚染水・処理水対策事業費補助金(固体廃棄物の処理・処分に関する研究開発)」の「処分概念の提示及び安全評価手法の開発」に係るものである。 本事業では、処分概念構築に必要な情報・知識の調査の一環として、人形峠環境技術センター内の鉱さいたい積場におけるウラン等の物理化学状態を解明することとしている。 ウラン等の物理化学状態に及ぼす微生物影響を評価する基礎データとして、鉱さいたい積場の堆積物及び土壌に含まれる微生物の機能・種類等を明らかにするため、本契約請求では、堆積物及び土壌試料に含まれる微生物遺伝子(DNA)の濃度測定、ショットガンメタゲノム解析、16s rRNAアンプリコンシーケンス解析及びITSアンプリコンシーケンス解析(以下、16s rRNA/ITSアンプリコンシーケンス解析とする)を行う。 3. 測定試料(支給品)及び支給時期3.1 ショットガンメタゲノム解析及び16s rRNA/ITSアンプリコンシーケンス解析用抽出済みDNA試料 8試料 契約後直ちに3.2 16s rRNA/ITSアンプリコンシーケンス解析用抽出済みDNA試料20試料 契約後直ちに3.3 ショットガンメタゲノム解析及び16s rRNA/ITSアンプリコンシーケンス解析用堆積物等凍結試料(乾燥重量として約5gとなるように調整して支給)6試料 9月上旬〜10月下旬頃3.4 バクテリア遺伝子濃度測定用堆積物等凍結試料(乾燥重量として約5gとなるように調整して支給)10試料 9月上旬〜10月下旬頃4. 作業内容4.1 抽出済みDNAに対するショットガンメタゲノム解析及び16s rRNA/ITSアンプリコンシーケンス解析 (3.1項の8試料)1) ショットガンメタゲノム解析では、抽出済み DNA に対してシーケンスライブラリーを作製した後、シーケーシング解析を行う。 解析データについて、遺伝子予測と機能解析を行う。 データ量： 5Gbシーケンシング解析：DNBSEQ 150bpペアエンド2) 16s rRNA/ITSアンプリコンシーケンス解析では、抽出済みDNAのPCR増幅、精製を行い、次世代シーケンサーに供するライブラリーを作製する。 次世代シーケンサーにより配列を解析し、菌叢解析ソフトウエアを用いて系統分類する。 対象領域は16s rRNA V3/V4カスタムとする。 使用するプライマーの配列は以下のものとする。 16S rRNA341Fの配列：CCTACGGGAGGCAGCAG806Rの配列：GACTACHVGGGTATCTAATCCITS2gITS7の配列：GTGARTCATCGARTCTTTGITS4の配列：TCCTCCGCTTATTGATATGCシーケンサー：NextSeq、MiSeq(これらと同等か高性能の相当製品可)4.2 抽出済みDNAに対する16s rRNA/ITSアンプリコンシーケンス解析(3.2項の20試料)1) 抽出済みDNAのPCR増幅、精製を行い、次世代シーケンサーに供するライブラリーを作製する。 2) 次世代シーケンサーにより配列を解析し、菌叢解析ソフトウエアを用いて系統分類する。 対象領域は16s rRNA V3/V4カスタムとする。 使用するプライマーの配列は以下のものとする。 16S rRNA341Fの配列：CCTACGGGAGGCAGCAG806Rの配列：GACTACHVGGGTATCTAATCCITS2gITS7の配列：GTGARTCATCGARTCTTTGITS4の配列：TCCTCCGCTTATTGATATGCシーケンサー：NextSeq、MiSeq(これらと同等か高性能の相当製品可)4.3 堆積物等の凍結試料に対するショットガンメタゲノム解析及び16s rRNA/ITSアンプリコンシーケンス解析 (3.3項の6試料)1) 真空凍結乾燥により全量を乾燥させた後、全量からDNAを抽出する。 ただし、支給する量は水分含有率から予測した量であるため、真空凍結乾燥後の重量が 5g を有意に超える可能性がある。 この場合、受注者が乾燥重量 5g の試料を秤量し、2)〜6)の分析に供することとする。 2) 紫外線吸収(UV)法及び蛍光法によりDNAを定量する。 3) 電気泳動法によりDNAのサイズを確認する。 4) 一般的なプライマー341F/806Rを用いた蛍光PCR法により鋳型量を確認する。 使用するプライマーの配列は以下のものとする。 341Fの配列：CCTACGGGAGGCAGCAG806Rの配列：GACTACHVGGGTATCTAATCC5) 抽出された DNA に対するショットガンメタゲノム解析では、抽出済み DNA に対してシーケンスライブラリーを作製した後、シーケーシング解析を行う。 解析データについて、遺伝子予測と機能解析を行う。 データ量： 5Gbシーケンシング解析：DNBSEQ 150bpペアエンド6) 16s rRNA/ITSアンプリコンシーケンス解析では、抽出済みDNAのPCR増幅、精製を行い、次世代シーケンサーに供するライブラリーを作製する。 次世代シーケンサーにより配列を解析し、菌叢解析ソフトウエアを用いて系統分類する。 対象領域は16s rRNA V3/V4カスタムとする。 使用するプライマーの配列は以下のものとする。 16S rRNA341Fの配列：CCTACGGGAGGCAGCAG806Rの配列：GACTACHVGGGTATCTAATCCITS2gITS7の配列：GTGARTCATCGARTCTTTGITS4の配列：TCCTCCGCTTATTGATATGCシーケンサー：NextSeq、MiSeq(これらと同等か高性能の相当製品可)4.4 堆積物等の凍結試料に対するバクテリア遺伝子濃度測定 (3.4項の10試料)1)真空凍結乾燥により全量を乾燥させた後、全量からDNAを抽出する。 ただし、支給する量は水分含有率から予測した量であるため、真空凍結乾燥後の重量が 5g を有意に超える可能性がある。 この場合、受注者が乾燥重量 5g の試料を秤量し、2)〜4)の分析に供することとする。 2) 紫外線吸収(UV)法及び蛍光法によりDNAを定量する。 3) 電気泳動法によりDNAのサイズを確認する。 4) 一般的なプライマー341F/806Rを用いた蛍光PCR法により鋳型量を確認する。 使用するプライマーの配列は以下のものとする。 341Fの配列：CCTACGGGAGGCAGCAG806Rの配列：GACTACHVGGGTATCTAATCC5) 各試料の検量線を作成する。 6) 各試料のメタゲノム解析可能性を評価する。 4.5 分析データ等の受け渡し及び作業報告書作成1) 分析データは非常に大きいため、受注者が用意する WEB サイトからダウンロードする方法または記録媒体により以下の情報及びデータを発注者が受け取ることとする。 ｱ) 堆積物試料の前処理方法、DNA抽出方法、ｲ) ショットガンメタゲノム解析方法及び解析結果ｳ) 16s rRNA/ITS解析方法及び解析結果ｴ) DNA濃度測定及び評価方法、測定結果及び結果の評価2) 作業内容及び結果の概略が記載された作業報告書(日本語のみで可)を作成する。 5. 納品場所岡山県苫田郡鏡野町上齋原1550番地国立研究開発法人日本原子力研究開発機構人形峠環境技術センター 鉱山施設課6. 納期令和8年1月16日7. 提出書類等1) 作業内容及び結果の概略が記載された作業報告書 印刷物及びPDF 各１部(PDFは電子メールへの添付)8. 検収条件「4.作業内容」の完了及び「7.提出書類等」の確認並びに、原子力機構が仕様書の定める業務が実施されたと認めた時を以て、業務完了とする。 9. 検査員検査員(１)一般検査 管財担当課長監督員(２)作業内容の完了の確認及び提出書類の確認 鉱山施設課員10. 特記事項機構から受注先への試料送付にかかる運送料は受注先が負担すること。 11．機密保持受注者は業務を実施することにより取得した当該業務及び作業に関する各データ、技術情報、成果その他のすべての資料及び情報を原子力機構の施設外に持ち出して発表もしくは公開し、または特定の第三者に対価をうけ、もしくは無償で提供することはできない。 ただし、あらかじめ書面により原子力機構の承認を受けた場合はこの限りではない。 12. グリーン購入法の推進(1) 本契約においてグリーン購入法(国等による環境物品等の調達の推進等に関する法律)に適用する環境物品が発生する場合は、これを採用するものとする。 (2)本仕様に定める提出物のうち印刷物については、グリーン購入法の基本方針に定める「紙類」の基準を満たしたものであること。 13．協議事項本仕様書に記載されている事項及び記載なき事項について疑義が生じた場合は、原子力機構と協議の上、その決定に従うものとする。 以上(別添)0710C00070 環境試料の微生物遺伝子分析業務支給品一覧品名 数量／個1ショットガンメタゲノム解析及び16s rRNA/ITSアンプリコンシーケンス解析用抽出済みDNA試料8216s rRNA/ITSアンプリコンシーケンス解析用抽出済みDNA試料203ショットガンメタゲノム解析及び16s rRNA/ITSアンプリコンシーケンス解析用堆積物等凍結試料各約５ｇ64バクテリア遺伝子濃度測定用堆積物等凍結試料各約５ｇ10