【電子入札】【電子契約】深部地下微生物のメタゲノム解析データ取得

【電子入札】【電子契約】深部地下微生物のメタゲノム解析データ取得 次のとおり一般競争入札に付します。 1 競争参加者資格 (1) 予算決算及び会計令第70条及び第71条の規定に該当しない者であること。 (3) 上記以外の競争参加者資格等 (別紙のとおり) 2 入札書の提出期限3 入札書の郵送 4 その他 詳細は「入札説明書」による。 契 約 管 理 番 号 0702C01771一 般 競 争 入 札 公 告令和7年5月28日 財務契約部長 松本 尚也 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構件 名 深部地下微生物のメタゲノム解析データ取得数 量 1式入 札 方 法(1)総価で行う。 (2)本件は、提出書類、入札を電子入札システムで行う。 入札説明書の交付方法 機構ホームページ(入札情報等)又は契約担当に同じ交 付 期 限 令和7年6月30日まで入 札 説 明 会日 時 及 び 場 所無 入札期限及び場所令和7年7月30日 14時00分 電子入札システムを通じて行う。 開札日時及び場所令和7年7月30日 14時00分 電子入札システムを通じて行う。 契 約 期 間( 納 期 )令和8年2月27日納 入(実 施)場 所 地層処分基盤研究施設契 約 条 項 役務契約条項契 約 担 当財務契約部事業契約第２課野上 大地(外線：080-9194-2487 内線：803-41028 Ｅメール：nogami.daichi@jaea.go.jp) (2) 国の競争参加者資格(全省庁統一資格)又は国立研究開発法人日本原子力研究開発機構競争参加者資格のいずれかにおいて、当該年度における「役務の提供等」のA、B、C又はD等級に格付けされている者であること。 競争参加者資格審査を受けていない者は、開札の前までにその審査を受け、資格を有することが認められていること。 特 約 条 項 知的財産権特約条項上記条項を示す場所 機構ホームページ(調達契約に関する基本的事項)又は契約担当に同じ入 札 保 証 金 免除令和7年7月30日 14時00分不可 ※電子入札ポータルサイトhttp://www.jaea.go.jp/02/e-compe/index.html本入札の参加資格及び必要とする要件は、次のとおりである。 ※競争入札に参加する前までに「委任状・使用印鑑届」及び「口座振込依頼書」等を提出していただく 必要がありますので、下記により提出をお願いします。 https://www.jaea.go.jp/for_company/supply/format/a02.html必要な資格求める技術要件 (1)予算決算及び会計令第70条及び第71条の規定に該当しない者であること。 (2)国の競争参加者資格(全省庁統一資格※)又は国立研究開発法人日本原子力研究開発機構競争参加者資格のいずれかにおいて、当該年度における「役務の提供等」のA、B、C又はD等級に格付けされている者であること。 競争参加者資格審査を受けていない者は、開札の前までにその審査を受け、資格を有することが認められていること。 (3) 当機構から取引停止の措置を受けている期間中の者でないこと。 (4)警察当局から、国立研究開発法人日本原子力研究開発機構に対し、暴力団員が実質的に経営を支配している業者又はこれに準ずるものとして、建設工事及び測量等、物品の製造及び役務の提供等の調達契約からの排除要請があり、当該状況が継続している者でないこと。 入札参加資格要件等 深部地下微生物のメタゲノム解析データ取得仕様書国立研究開発法人日本原子力研究開発機構核燃料サイクル工学研究所BE資源・処分システム開発部核種移行研究グループ1. 件名深部地下微生物のメタゲノム解析データ取得2. 目的及び概要資源エネルギー庁からの受託事業「高レベル放射性廃棄物等の地層処分に関する技術開発事業(核種移行総合評価技術開発)」における「コロイド・有機物・微生物影響評価技術の開発」の一環として，地下深部に生息する微生物群集組成を調査するために，メタゲノム解析を行う。 解析データは，微生物の代謝機能を網羅的に推定するための基礎的情報に資する。 3. 納入場所茨城県那珂郡東海村大字村松4番地33核燃料サイクル工学研究所 地層処分基盤研究施設4. 納期令和8年2月27日5. 作業項目(1) DNA抽出(12検体)(2) 次世代シーケンス解析(Illumina NovaSeq X Plus) 12検体(2レーン)(3) 報告書の作成6. 作業内容及び方法(1) DNA抽出発注者が地下環境から採取した12試料(以下，「試料」という。)について，試料毎にDNA抽出(12検体)を行う。 試料は，微生物をフィルター上に捕集した状態か，あるいは岩石・バイオフィルム等の固体試料をチューブに採取した状態で提供する。 抽出方法については，Extrap Soil DNA Kit Plus ver.2 (株式会社バイオダイナミクス研究所製)を用いることとするが，DNA抽出効率等の観点から効率よく抽出ができない場合など疑義が生じた場合には，代替方法を日本原子力研究開発機構(以下「原子力機構」という。)と協議の上決定する。 (2) 次世代シーケンス解析 (ショートリード解析)抽出したDNA試料について，次世代シーケンス解析を実施する。 作業仕様は下記のとおりとする。 ・供与試料毎に数百bpに物理的に断片化を行い，二本鎖DNAの両末端に検体ごとにアダプターを付加し，シーケンスの鋳型となるDNAライブラリを作成する。 ・作製したDNAライブラリについて，NovaSeq X Plusシステム(イルミナ社)を用いてシーケンス解析を行い，塩基配列(リード配列)を得る。 ・解析は，150 base両末端解析(データ量として，1試料当たり10~20 Gb相当以上)を各ライブラリについて実施する。 ・解析対象は，550 bp以上のインサートサイズのものとする。 ・塩基配列(リード配列)のファイルはFASTQ形式とする。 (3) 報告書の作成本作業で実施した分析結果を取りまとめた報告書を作成すること。 報告内容は下記のとおり行うこととする。 ① 解析データに関する報告・全データ取得後，全データを保存した電子媒体(2部)を提出すること。 ②解析方法に関する報告・全データ取得後にDNA抽出，前処理，ライブラリ調整方法及び解析方法についての詳細を記述した資料を提出すること。 報告書の提出部数・提出期限等は，「8. 提出書類」に示すとおりとする。 更に，報告書の本文及び結果の根拠となるデータファイルを電子媒体により提出することとする。 7. 支給物品(1) 支給品・試料(12試料)なお，本作業で生じた抽出済DNA試料について，解析後の余剰分を冷凍保存が可能な状態に処理し，原子力機構に返却すること。 返送の際には，試料に適した保存方法で送付すること。 8. 提出書類提出物名 部数 提出期限委任又は下請負届(機構指定様式，必要に応じて)1 作業開始2週間前までに電子データファイル一式*12 令和8年2月27日*1解析データ，解析方法に関する報告ファイルを収めたハードディスク等の電子媒体(提出場所)核燃料サイクル工学研究所 BE資源・処分システム開発部 核種移行研究グループ9. 検収条件「8．提出書類」に示す「電子データファイル一式」の員数及び電子データファイルに含まれる解析データ・報告書等の内容が本仕様書を満たしていることの検査の合格をもって検収とする。 10. 検査員一般検査管財担当課長技術検査核燃料サイクル工学研究所 BE資源・処分システム開発部 核種移行研究グループグループリーダー11. 知的財産権等知的財産権等の取り扱いについては，別紙 1 に示す「知的財産権特約条項」に定められたとおりとする。 12. 特記事項本件は，経済産業省資源エネルギー庁から原子力機構が委託を受けて実施するものであり，実施体制を変更する場合，原子力機構は経済産業省資源エネルギー庁の承認を得る必要がある。 したがって，受注者は，合併又は分割等により本契約に係る権利義務を他社へ承継しようとする場合には，事前に原子力機構(核種移行研究グループ)へ照会し，了解を得るものとする。 13. グリーン購入法(1) 本契約において，グリーン購入法(国等による環境物品等の調達の推進等に関する法律)に適合する環境物品(事務用品，OA機器等)が発生する場合は，これを採用するものとする。 (2) 本仕様書に定める提出図書(納入印刷物)については，グリーン購入法の基本方針に定める「紙類」の基準を満たしたものであること。 以上別紙1知的財産権特約条項(知的財産権の範囲)第１条 この特約条項において「知的財産権」とは、次の各号に掲げるものをいう。 (１) 特許法(昭和３４年法律第１２１号)に規定する特許権(以下「特許権」という。)、実用新案法(昭和３４年法律第１２３号)に規定する実用新案権(以下「実用新案権」という。)、意匠法(昭和３４年法律第１２５号)に規定する意匠権(以下「意匠権」という。)、半導体集積回路の回路配置に関する法律(昭和６０年法律第４３号)に規定する回路配置利用権(以下「回路配置利用権」という。)、種苗法(平成１０年法律第８３号)に規定する育成者権(以下「育成者権」という。)及び外国における上記各権利に相当する権利(以下「産業財産権等」と総称する。)(２) 特許法に規定する特許を受ける権利、実用新案法に規定する実用新案登録を受ける権利、意匠法に規定する意匠登録を受ける権利、半導体集積回路の回路配置に関する法律第３条第１項に規定する回路配置利用権の設定の登録を受ける権利、種苗法第３条に規定する品種登録を受ける地位及び外国における上記各権利に相当する権利(以下「産業財産権等を受ける権利」と総称する。)(３) 著作権法(昭和４５年法律第４８号)に規定するプログラムの著作物及びデータベースの著作物(以下「プログラム等」という。)の著作権並びに外国における上記各権利に相当する権利(以下「プログラム等の著作権」と総称する。)(４) コンテンツの創造、保護及び活用の促進に関する法律(平成１６年法律第８１号)に規定するコンテンツで甲が本契約において制作を委託するコンテンツ(以下「コンテンツ」という。)の著作権(以下「コンテンツの著作権」という。 )(５) 前各号に掲げる権利の対象とならない技術情報のうち秘匿することが可能なものであって、かつ、財産的価値のあるものの中から、甲、乙協議の上、特に指定するもの(以下「ノウハウ」という。)を使用する権利２ この特約条項において、「発明等」とは、特許権の対象となるものについては発明、実用新案権の対象となるものについては考案、意匠権、回路配置利用権及びプログラム等の著作権の対象となるものについては創作、育成者権の対象となるものについては育成並びにノウハウを使用する権利の対象となるものについては案出をいう。 ３ この特約条項において知的財産権の「実施」とは、特許法第２条第３項に定める行為、実用新案法第２条第３項に定める行為、意匠法第２条第３項に定める行為、半導体集積回路の回路配置に関する法律第２条第３項に定める行為、種苗法第２条第５項に定める行為、プログラム等の著作権については著作権法第２条第１項第１５号及び同項第１９号に定める行為、コンテンツの著作権については著作権法第２条第１項第７の２号、第９の５号、第１１号にいう翻案、第１５号、第１６号、第１７号、第１８号及び第１９別紙1号に定める行為並びにノウハウの使用をいう。 (乙が単独で行った発明等の知的財産権の帰属)第２条 本契約に関して、乙単独で発明等を行ったときは、甲は、乙が次の各号のいずれの規定も遵守することを書面で甲に届け出た場合、当該発明等に係る知的財産権を乙から譲り受けないものとする。 (以下、乙に単独に帰属する知的財産権を「単独知的財産権」という。)(１) 乙は、本契約に係る発明等を行ったときは、遅滞なく次条の規定により、甲にその旨を報告する。 (２) 乙は、甲が国の要請に基づき公共の利益のために特に必要があるとして、その理由を明らかにして求める場合には、無償で当該知的財産権を実施する権利を国に許諾する。 (３) 乙は、当該知的財産権を相当期間活用していないと認められ、かつ、当該知的財産権を相当期間活用していないことについて正当な理由が認められない場合において、甲が国の要請に基づき当該知的財産権の活用を促進するために特に必要があるとして、その理由を明らかにして求めるときは、当該知的財産権を実施する権利を第三者に許諾する。 ２ 甲は、乙が前項に規定する書面を提出しない場合、乙から当該知的財産権を無償で(第７条に規定する費用を除く。)譲り受けるものとする。 ３ 乙は、第１項の書面を提出したにもかかわらず同項各号の規定のいずれかを満たしておらず、かつ満たしていないことについて正当な理由がないと甲が認める場合、当該知的財産権を無償で甲に譲り渡さなければならない。 (知的財産権の報告)第３条 乙は、本契約に係る産業財産権等の出願又は申請をするときは、あらかじめ出願又は申請に際して提出すべき書類の写しを添えて甲に通知しなければならない。 ２ 乙は、前項に係る国内の特許出願、実用新案登録出願、意匠登録出願を行う場合は、特許法施行規則第２３条第６項及び同規則様式２６備考２４等を参考にし、当該出願書類に国の委託事業に係る研究の成果による出願であることを表示しなければならない。 ３ 乙は、第１項に係る産業財産権等の出願又は申請に関して設定の登録等を受けた場合には、設定の登録等の日から３０日以内に、甲に文書により通知しなければならない。 ４ 乙は、本契約に係るプログラム等又はコンテンツが得られた場合には、著作物が完成した日から３０日以内に、甲に文書により通知しなければならない。 ５ 乙は、単独知的財産権を自ら実施したとき、及び第三者にその実施を許諾したときは、甲に文書により通知しなければならない。 別紙1(単独知的財産権の譲渡)第４条 乙は、単独知的財産権を甲以外の第三者に譲渡する場合には、当該譲渡を行う前に、その旨を甲に文書により通知するとともに、第２条、前条、次条及び第６条の規定を準用することを当該第三者と約定しなければならない。 (単独知的財産権の実施許諾)第５条 乙は、単独知的財産権について甲以外の第三者に実施を許諾する場合には、甲に文書により通知しなければならない。 また、第２条の規定の適用に支障を与えないよう当該第三者と約定しなければならない。 ２ 乙は、単独知的財産権に関し、甲以外の第三者に専用実施権、その他排他的に実施する権利を許諾する場合には、文書により甲及び国の承認を受けなければならない。 ３ 甲は、単独知的財産権を無償で自ら試験又は研究のために実施することができる。 甲が甲のために乙以外の第三者に製作させ、又は業務を代行する第三者に再実施権を許諾する場合は、乙の承諾を得た上で許諾するものとし、その実施条件等は甲、乙協議の上決定する。 (単独知的財産権の放棄)第６条 乙は、単独知的財産権を放棄する場合は、当該放棄を行う前に、その旨を甲に報告しなければならない。 (単独知的財産権の管理)第７条 甲は、第２条第２項の規定により乙から単独知的財産権又は当該知的財産権を受ける権利を譲り受けたときは、乙に対し、乙が当該権利を譲り渡すときまでに負担した当該知的財産権の出願又は申請、審査請求及び権利の成立に係る登録までに必要な手続きに要したすべての費用を支払うものとする。 (甲及び乙が共同で行った発明等の知的財産権の帰属)第８条 本契約に関して、甲及び乙が共同で発明等を行ったときは、当該発明等に係る知的財産権は甲及び乙の共有とする。 ただし、乙は、次の各号のいずれの規定も遵守することを書面で甲に届けなければならない。 (以下、甲と乙が共有する知的財産権を「共有知的財産権」という。)。 (１) 当該知的財産権の出願等権利の成立に係る登録までに必要な手続きは乙が行い、第３条の規定により、甲にその旨を報告する。 (２) 乙は、甲が国の要請に基づき公共の利益のために特に必要があるとして、その理由を明らかにして求める場合には、無償で当該知的財産権を実施する権利を国に許諾する。 別紙1(３) 乙は、当該知的財産権を相当期間活用していないと認められ、かつ、当該知的財産権を相当期間活用していないことについて正当な理由が認められない場合において、甲が国の要請に基づき当該知的財産権の活用を促進するために特に必要があるとして、その理由を明らかにして求めるときは、当該知的財産権を実施する権利を第三者に許諾する。 ２ 甲は、乙が前項で規定する書面を提出しない場合、乙から当該知的財産権のうち乙が所有する部分を無償で譲り受けるものとする。 ３ 乙は、第１項の書面を提出したにもかかわらず同項各号の規定のいずれかを満たしておらず、さらに満たしていないことについて正当な理由がないと甲が認める場合、当該知的財産権のうち乙が所有する部分を無償で甲に譲り渡さなければならない。 (共有知的財産権の譲渡)第９条 甲及び乙は、共有知的財産権のうち自らが所有する部分を相手方以外の第三者に譲渡する場合には、当該譲渡を行う前に、その旨を相手方に通知して文書による同意を得なければならない。 (共有知的財産権の実施許諾)第１０条 甲及び乙は、共有知的財産権について第三者に実施を許諾する場合には、あらかじめ相手方に通知して文書による同意を得なければならない。 (共有知的財産権の実施)第１１条 甲は、共有知的財産権を試験又は研究以外の目的に実施しないものとする。 ただし、甲は甲のために乙以外の第三者に製作させ、又は業務を代行する第三者に実施許諾する場合は、無償で当該第三者に実施許諾することができるものとする。 ２ 乙が共有知的財産権について自ら商業的実施をするときは、甲が自ら商業的実施をしないことにかんがみ、乙の商業的実施の計画を勘案し、事前に実施料等について甲、乙協議の上、別途実施契約を締結するものとする。 (共有知的財産権の放棄)第１２条 甲及び乙は、共有知的財産権を放棄する場合は、当該放棄を行う前に、その旨を相手方に通知して文書による同意を得なければならない。 (共有知的財産権の管理)第１３条 共有知的財産権に係る出願等を甲、乙共同で行う場合、共同出願契約を締結するとともに、出願等権利の成立に係る登録までに必要な費用は、当該知的財産権に係る甲及び乙の持分に応じて負担するものとする。 別紙1(知的財産権の帰属の例外)第１４条 本契約の目的として作成される提出書類、プログラム等及びその他コンテンツ等の納品物に係る著作権は、すべて甲に帰属する。 ２ 第２条第２項及び第３項並びに第８条第２項及び第３項の規定により著作権を乙から甲に譲渡する場合、又は前項の納品物に係る著作権の場合において、当該著作物を乙が自ら創作したときは、乙は、著作者人格権を行使しないものとし、当該著作物を乙以外の第三者が創作したときは、乙は、当該第三者が著作者人格権を行使しないように必要な措置を講じるものとする。 (秘密の保持)第１５条 甲及び乙は、第２条及び第８条の発明等の内容を出願公開等により内容が公開される日まで他に漏洩してはならない。 ただし、あらかじめ書面により出願申請を行った者の了解を得た場合はこの限りではない。 (委任・下請負)第１６条 乙は、本契約の全部又は一部を第三者に委任し、又は請け負わせた場合においては、当該第三者に対して本特約条項の各条項の規定を準用するものとし、乙はこのために必要な措置を講じなければならない。 ２ 乙は、前項の当該第三者が本特約条項に定める事項に違反した場合には、甲に対し全ての責任を負うものとする。 (協議)第１７条 第２条及び第８条の場合において、単独若しくは共同の区別又は共同の範囲等について疑義が生じたときは、甲、乙協議して定めるものとする。 (有効期間)第１８条 本特約条項の有効期限は、本契約締結の日から当該知的財産権の消滅する日までとする。