（RE-14154）放射線被ばく後のラット由来ゲノムの全ゲノムシーケンス解析【掲載期間：2025年11月12日～2025年12月2日】

（RE-14154）放射線被ばく後のラット由来ゲノムの全ゲノムシーケンス解析【掲載期間：2025年11月12日～2025年12月2日】 公告期間： ～ ( )に付します。 1．競争入札に付する事項仕様書のとおり２．入札書等の提出場所等入札説明書等の交付場所及び入札書等の提出場所並びに問い合わせ先(ダイヤルイン)nyuusatsu_qst@qst.go.jp入札説明書等の交付方法上記２．(1)に記載の交付場所または電子メールにより交付する。 ただし、交付は土曜,日曜,祝日及び年末年始(12月29日～1月3日)を除く平日に行う。 電子メールでの交付希望の場合は、「 公告日,入札件名,当機構担当者名,貴社名,住所,担当者所属,氏名,電話,FAX,E-Mail 」を記載し、上記２．(1)のｱﾄﾞﾚｽに送信。 交付の受付期限は の17:00までとする。 入札説明会の日時及び場所入札関係書類及び 技術審査資料 の提出期限開札の日時及び場所令和7年11月12日国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構財 務 部 長 大小原 努記(1)件 名 放射線被ばく後のラット由来ゲノムの全ゲノムシーケンス解析R7.11.12 R7.12.2 請負入 札 公 告下記のとおり 一般競争入札(4)履行場所 仕様書のとおり(1)(2)内 容(3)履行期限 令和8年2月27日E-mail：(2)令和 7 年 12月 2 日 (火)〒263-8555 千葉県千葉市稲毛区穴川４丁目９番１号ＴＥＬ 043-206-3014 ＦＡＸ 043-251-7979(4)令和 7 年 12月 3 日(水) 17時00分(5)(3)実 施 し な い財務部 契約課 伊井 清真令和7年12月17日(水) 11時00分本部(千葉地区) 入札事務室３．競争に参加する者に必要な資格当機構から指名停止措置を受けている期間中の者でないこと。 全省庁統一競争入札参加資格を有する者であること。 当機構が別に指定する誓約書に暴力団等に該当しない旨の誓約をできること。 ４．入札保証金及び契約保証金 免除５．入札の無効入札参加に必要な資格のない者のした入札入札の条件に違反した者の入札６．契約書等作成の要否 要７．落札者の決定方法８．その他中に当機構ホームページにおいて掲載する。 以上 公告する。 (1)国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構 契約事務取扱細則第10条の規定に該当しない者であること。ただし、未成年者、被保佐人又は被補助人であって、契約締結のために必要な同意を得ている者についてはこの限りでない。 (2)落札決定に当っては、入札書に記載した金額に当該金額の10パーセントに相当する額を加算した金額(当該金額に1円未満の端数があるときは、その端数を切り捨てた金額とする)をもって落札価格とするので、入札者は、消費税に係る課税事業者であるか免税事業者であるかを問わず、見積もった金額の110分の100に相当する金額を入札書に記載すること。 (2)国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構 契約事務取扱細則第11条第１項の規定に該当しない者であること。 (3)(4)(5)(1)当機構の定める契約書(契約金額が500万円以上の場合)もしくは請書(契約金額が500万円未満の場合)を作成するものとする。 上記問い合わせ先宛てに質問書を提出すること。なお、質問に対する回答は令和7年11月27日 (木)その他、詳細については、入札説明書によるため、必ず上記２．(2)により、入札説明書の交付を受けること。 (1)この入札に参加を希望する者は、入札書の提出時に、当機構が別に指定する暴力団等に該当しない旨の誓約書を提出しなければならない。 (2)前項の誓約書を提出せず、又は虚偽の誓約をし、若しくは誓約書に反することとなったときは、当該者の入札を無効とするものとする。 (3)(4)本入札に関して質問がある場合には 令和7年11月20日 (木) 17:00までに(2)(1)技術審査に合格し、予定価格の制限の範囲内で、最低価格をもって有効な入札を行った入札者を落札者とする。 (最低価格落札方式) 仕様書１．件 名 放射線被ばく後のラット由来ゲノムの全ゲノムシーケンス解析２．数 量 35検体３．目 的 放射線被ばく前後のラットのDNA配列を解析することにより、遺伝子変異を網羅的に検出することを目的とする。４．履行期限 令和8年2月27日５．納品場所 千葉県千葉市稲毛区穴川4-9-1国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構 千葉地区低線量影響実験棟4階E413号室６．業務内容１) 当機構より提供するラット個体から抽出したDNA検体について、検体のクオリティチェック、ライブラリ調製(VAHTS Universal Plus DNA Library Prep Kit forIllumina V2 ND627、PCR-free library調製)、次世代シークエンサー(DNBSEQ-G400)によるシーケンス解析(MGI DNBSEQ 2x150bp configuration, 配列データ量は１検体あたり90Gb相当)を行い、配列データ(FASTAQデータ等)及び結果報告書を納品する。なお、全35検体のうち、18検体は本項の業務内容のみを実施する。残りの17検体は、それに加えて、次の2) および3)に記すデータ解析を実施する。２) Webで公開されているラットのリファレンス配列を元に、Sentieon pipelineを使用して得られた配列データにおけるSNV / InDelの検出を行う。さらに、指定した2検体間における差異についてSNV / InDel のvariant allele frequency、filter(PASSとその以外の全ての結果) などの結果を含むバリアントの検出を行い、その結果をrawデータ、vcfおよびxlsx等のファイルとして納品する。３) CNVnator(version0.3.1)を用いたCNV解析、およびManta (version 1.6.0)をもちいたSV解析を実施する。その結果をvcfおよびxlsx等のファイル形式として納品する。７．提出図書・６．１)に係る配列データ及び結果報告書(配列データ：FASTAQデータ等、結果報告書：PDF等)・６．２)に係るバリアントの検出結果(rawデータ、vcfおよびxlsx等のファイル形式)・６．３)に係るCNV解析およびSV解析結果(vcfおよびxlsx等のファイル形式)以上をハードディスクドライブ等により納品するものとする。８．必要な能力・資格上に示した内容の十分な業務実績(目安として100件以上)を有すること。９．検 査 作業完了後、当機構職員が、所定の要件を満たしていることを確認したことをもって検査合格とする。10．その他(1)受注者は、量子科学技術研究開発機構(QST)が量子科学技術の研究・開発を行う機関であり、高い技術力及び高い信頼性を社会的に求められていることを認識するとともに、QST の規程等を順守し、安全性に配慮しつつ業務を遂行しうる能力を有する者を従事させること。(2)受注者は、本件業務を実施することにより取得したデータ、技術情報、成果その他のすべての資料及び情報をQSTの施設外において、発表若しくは公開することはできない。ただし、あらかじめ書面によりQSTの承認を受けた場合はこの限りではない。(3)受注者はQSＴに対して、各解析工程においてその実施内容の報告を随時行う。また、解析工程において異常事態等が発生した場合、QSTの指示に従い行動するものとする。(4) データの納品は、ハードディスクドライブ等によるものとし、パスワードを設定することとする。11. グリーン購入法の推進(1) 本契約において、グリーン購入法(国等による環境物品等の調達の推進等に関する法律)に適用する環境物品(事務用品、ＯＡ機器等)が発生する場合は、これを採用するものとする。(2) 本仕様に定める提出図書(納入印刷物)については、グリーン購入法の基本方針に定める「紙類」の基準を満たしたものであること。(要求者)部課(室)名：放射線影響予防研究部氏 名：今岡 達彦